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多くの初心者プログラマにする疑問のひとつが「IDE を使って作成したアプリケーションを、IDE の外でコマンドラインから動くようにするにはどうすればよいですか」あるいは、「他のユーザに IDE を含めた全体を渡すのではなく、アプリケーションだけを配布するにはどうすればよいでしょう」というものです。

プロジェクトの構築が終わると、IDE は "dist" というディレクトリにプラットフォームに依存しない形で配布が可能な JAR ファイルを作成します。また、アプリケーションに必要な追加のライブラリは "dist/lib" ディレクトリに配置されています。そして、コマンドラインから次のように入力するとプロジェクトが走ります。 

java -jar YourProject.jar

dist/lib ディレクトリが作成されず、うまく動作しないような場合には、リンクしているライブラリが全て JAR ファイルであることを確認してください。クラスファイルを含むディレクトリがある場合はうまく動きません。

詳しくはこちらを参照してください： http://www.netbeans.org/kb/articles/javase-deploy.html