Hacemos una copia de respaldo de la carpeta .netbeans/{version}/config/org-netbeans-api-project-libraries/Libraries
Donde {version} es la versión de nuestro NetBeans: nb6.1, nb6.5, etc.
En esta carpeta solo hay archivos .xml que hacen referencia a las bibliotecas creadas desde la opción Tools > Libraries del NetBeans. Adicionalmente podemos editar directamente estos archivos .xml para modificar la configuración de las bibliotecas (por ejemplo, los archivos .jar que debe o no incluir) y así evitar entrar a la opción del NetBeans.